Nakon što se smjestio u Green Hills, Sonic je odlučan pokazati svima da ima sve kvalitete pravog junaka. Njegov test počinje u trenutku kada se vrati Dr. Robotnik, ovoga puta s novim partnerom – Knucklesom, u potrazi za smaragdom koji ima moć stvoriti i uništiti civilizacije. Sonic će se udružiti s Tailsom pa će njih dvojica krenuti u avanturu tijekom koje moraju pronaći smaragd prije nego što padne u krive ruke.